perl 从fastq文件中挑选出序列长度在规定范围的序列

2017-05-29 19:54:42来源:CSDN作者:niuhuihui_fei人点击

要求:

FASTQ文件长度过滤:编写一个程序,读取FASTQ文件,过滤掉碱基序列长度在60-80之外的序列,将长度在60-80之内的序列输出到结果文件中。

FASTQ格式文件如下:每四行表示一个测序序列,第二行是碱基序列。

@M2,HWI-7001455:326:HGTFVADXX:1:1101:2666:105721:N:0:GCGCTA

TTTAGTTTTGTAGTAATTGTTTGTAGTAAAATTTGTATTAGTTTTTTTATTTGTA

+

CCCFFFDDHHFHHIJJJJJHHIJJJJIIGEIJIJJIIJJJJHIJJJJJIJIJIHI


编程要求如下:

1)      程序命名为fq_filter.pl

2)      程序采用Getopt从命令行输入,参数共有3个,-infile,-outfile,-h;

3)      其中-infile用于接收输入的FASTQ文件名;

4)      -outfile用于给出符合条件的结果文件名,输出结果格式要与输入的FASTQ格式相同。

5)      -h用于给出程序的使用说明;


fq_filter.pl:

#!/usr/bin/perl -w

#use strict;
use Getopt::Long;
my ($chr,$help);
my $infile="";
my $outfile="";

GetOptions(
                "help|h"     => /&USAGE,
                "infile:s"   => /$infile,
                "outfile:s"  => /$outfile,
);

open IN,"<$infile"||die;
open OUT,">$outfile";

my $i=0;
my $seqID='';
my $sequence='';
my $len=0;
my $mark='';
my $qual='';

while(<IN>){
        chomp;
        if($i%4 == 0){
                $seqID=$_;}
        if($i%4 == 1){
                $sequence=$_;
                $len=length($sequence);}
        if($i%4 == 2){
                $mark=$_;}
        if($i%4 == 3){
                if($len>=60 && $len<=80){
                        $qual=$_;
                        print OUT "$seqID/n$sequence/n$mark/n$qual/n";}
                }
        $i=$i+1
}


sub USAGE{
                my $usage=<<"USAGE";
------------------------------------------------------------------------------------
       Program: thir_test.pl
       Date:2017-05-19
       Usage:
                 -infile    <fasta format> infile
                 -outfile   <fasta format> outfile
                 -h          help


       Example1: perl thir_test.pl -infile data.fa -outfile out.fa
       Example2: perl thir_test.pl -h
------------------------------------------------------------------------------------
USAGE
        print $usage;
        exit;
}

运行命令:

perl fq_filter.pl -infile  test.fq -outfile out.fa

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