Circos 教程___001

2017-08-11 20:20:02来源:CSDN作者:ada0915人点击

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安装篇

官方安装指导资料
寂寞先生___Circos教程系列

由于官方文档基于 Ubuntu和windows给出安装指导,而我平时使用的系统CentOS6.5,所以不得不进行如下操作:

perl -v### This is perl, v5.10.1 (*)  which perl### /usr/bin/perlsudo yum install gd gd-devel#查看哪些模块需要被安装cd software/circos-0.69-5/bin./list.modules #或者查看哪些模块未被安装circos -modules |grep missing### missing            Params::Validatesudo perl -MCPAN -e shell#安装缺失的模块cpan> install Params::Validatecpan> install Module::Build#同时安装多个缺失模块cpan> install Carp Config::General Cwd Data::Dumper Digest::MD5 File::Basename File::Spec::Functions File::Temp FindBin Font::TTF::Font GD GD::Image Getopt::Long IO::File List::MoreUtils List::Util Math::Round Math::Trig Math::VecStat Memoize Params::Validate Pod::Usage POSIX Readonly Regexp::Common Statistics::Basic Storable Sys::Hostname Text::Balanced Text::Format Time::HiRescpan>#由于cpan下安装Params::Validate还是安装失败,可能是依赖关系导致的?#之后就卸载了该模块,重新用yum安装了,很神奇,I MADE IT!!!sudo yum search perl-Params-Validatesudo yum install perl-Params-Validate.x86_64#环境变量的设置echo 'export PATH="/path/software/circos-0.69-5/bin:$PATH"' >> ~/.bash_profile#成功之后,运行命令,如果显示如下的信息,则你成功的安装了Circos。circos -man

这里写图片描述

perl 一些基本命令

#列出每个安装的模块的信息perldoc perllocal#列出安装的模块perldoc -t perllocal |grep "Module"#查看perl模块使用的默认位置perl -V#查看所有模块和库的安装目录perl -e 'print join "/n",@INC'#删除已安装的perl模块(1)##找到所有模块和库的安装目录,到这些目录下找到对应的pm删除掉就可以了#删除已安装的perl模块(2)##首先安装模块App::pmuninstallcpan> install App::pmuninstall#再利用此模块中的工具卸载模块,但此工具仅支持部分模块的卸载pm-uninstall Params::Validate#获得帮助  cpan> h  #列出CPAN上所有模块的列表  cpan> m  #根据关键字在CPAN上查找某个模块:cpan> i /scws/#退出  cpan> q 

未完待续~

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